元朝时在澎湖岛设置了澎湖寨巡检司。
澎湖巡检司（澎湖寨巡检司），是元明时期设置于澎湖列岛的官署。在中国历史上，这是最早管理台、澎的行政机构。1281年（元世祖至元十八年）设置，隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖巡检，明初循之。1384年（明太祖洪武十七年），因为实施海禁政策而废除澎湖巡检司。
元朝时中央政府设立了澎湖巡检司。管辖澎湖和台湾地区。
巡检司是中国元明清时期县级衙门底下的基层组织。该组织于元朝首创时，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，而且没有什么军事力量。明朝依其例沿用，不过佐以行政权力。
蒙元统一后的疆域是：东起日本海，西至天山，北包贝加尔湖，南抵南海，东南包括今南海诸岛与澎湖群岛，西南包括今青藏高原和缅甸北部，西北至准噶尔盆地及额尔齐斯河，东北达外兴安岭（包括库页岛）、鄂霍次克海，全国划分为由中书省所直接管辖的首都附近的腹里地区（即河北、山东、山西及漠南部分地区）、由宣政院（初名总制院）所管辖的吐蕃地区今西藏自治区及青海、四川西部地区，以及10个行中书省，分别为岭北、辽阳、甘肃、陕西、河南江北、湖广、四川、云南、江浙、江西行省。
元朝，建立与公元1271年，于公元1368年灭亡。