大多数情况下是在编的。
因为主管部门是事业单位的下级单位，按照国家的编制政策，事业单位下级单位的编制都是要由上级单位进行划分和设定的。
所以大多数情况下，主管部门都是在编人员的。
当然，也有一些特殊情况，例如某些主管部门的职能并不需要很多人员支撑，或者根据财政预算的限制，可能会存在一些岗位未能列入编制等情况。
但总体而言，主管部门是在编人员的情况更为普遍。
主管部门通常是政府机构，而不是事业单位，因此不涉及在编问题。在编是指某个单位的员工在单位的编制内，具有相应的工资、福利待遇和保障。
事业单位是指专门从事社会公益事业、服务社会、开展科学技术、教育、文化、卫生等活动的法人组织。事业单位的下级单位是事业单位的组成部分，一般由下级分支机构、直属单位、办事处等组成，属于事业单位的机构设置。
在事业单位中，下级单位的工作人员一般都会被编制在同一事业单位内，但并不代表下级单位就是事业单位，也不一定都在编制内。
通常情况下，下级单位的工作人员跟随事业单位的编制管理，但他们所在的岗位和职务也需要符合相应的岗位要求和资格条件。
主管部门属于政府机构。
因为主管部门是负责监管和管理事业单位的政府机构，属于政府职能部门，与事业单位不同。
同时，政府机构也被划分为中央和地方两级，不同层级的主管部门职责和权限也有所不同。
值得一提的是，事业单位虽然不属于政府机构，但是其受到公共利益的约束，必须遵守政府的管理规定。