1.缴费基数不同:灵活就业人员参加医疗保险的缴费基数一般为当地上年度在岗职工年平均工资60%;职工参加医保的缴费基数为职工月工资总额。
2.参保对象不同:灵活就业人员的参保对象为未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员及其他灵活就业人员;就业年龄范围内无雇工的个体工商户等;职工医疗保险的参保对象为城镇在职职工及单位退休职工。
当然能够合并的，现在国家规定社保是可以进行累计的，在退休前累计缴纳满十五年最低年限就是可以的，所以灵活就业和其他地区的社保都是可以进行累计到一起计算的。
灵活就业缴费进入个人账户8%。灵活就业人员可以参加职工养老保险，缴费比例是20%，其中只有8%纳入到个人账户，其余是进入到统筹账户的。