三大问题主要包括：

耕地数量和质量问题：由于农业产业结构调整、非农建设占用耕地以及土地供需矛盾，耕地面积逐渐减少，影响粮食安全。同时，由于环境土质等多方面的影响，能开垦为耕地的荒地极为有限，开垦的耕地受土质环境的影响，很难达到被占耕地的同等质量1。

生态环境问题：农业的面源污染与土壤的重金属污染严重，以占世界9%的耕地使用了占世界30%~40%的化肥，而使用有效率仅为30%。这种情况不仅污染了环境，还增加了成本，造成增产不增收2。

种粮收益问题：粮食是一项社会效益大，经济效益差的产品，与种其他经济作物相比有较大的差距。近些年来，由于粮食价格的持续走低，农民种粮的纯收益大幅度降低甚至出现亏本现象，严重影响了农民种粮的积极性，导致许多农民弃农经商或外出打工，出现了粮田被撂荒的情况