虽同是一锅汤底，但是由于格子的隔离，不同格子的浓度和温度都会有所不同，因此食材涮烫的时候也会有所区别。所以在食用九宫格火锅的时候，每个格子应该涮烫什么食材，是有讲究的。需要长时间煮的肉类要放在外围的格子，慢慢焖煮，然后在四个角的格子留下1-2个，便于后续食用鸭血和脑花。
当锅涨得不太厉害的时候，转小火，只留中间一格沸腾即可，因温度高，所以这里可以烫食毛肚、鸭肠等快速即食的食品。
随后再将火调到中火，保持中间沸腾，周边的格子不要沸腾的状态。
九宫格是为了涮火锅时食材容易捞取以及食材不混淆，而汤底是一样的，没有必要隔离。九宫格火锅隔离的是涮锅食材，九宫格的好处是食材夹取不混淆，汤底还能融合各食材口味，所以下面是通的。
九宫格火锅是一个锅底，之所以分成九宫格，是为了一格放一种食材，中间放易熟的肉，边上放菜。大部分是差不多，只是味道重或淡的区别，有的店是比较有特色的，一个格子一种口味。
九宫格把火锅分为三个层次，不同的格子代表不同的温度和不同的牛油浓度。不同的食材切成不同的厚度、形状，或片、或块、或条，用不同的方式煮制，然后获得不同的口感，这就是重庆九宫格火锅的奥秘，也是重庆火锅独特的烹饪方式。
九宫格火锅还能缓解一种尴尬，总有一些朋友喜欢煮熟一些菜，下完料还没来得及吃，它们就已经躺到别人的肚子里。就是“为了防止你的鸭肠跑到别人那去”