全站仪意外关机时是否会自动保存文件，这取决于具体的仪器型号和其内置的软件功能。

一些高端、现代的全站仪可能具有自动保存功能，这意味着在意外关机的情况下，仪器会尝试保存当前的数据文件。然而，这种自动保存功能并不是所有全站仪都具备的，而且即使有这样的功能，也不能保证每次意外关机时都能成功保存数据。

为了避免数据丢失，建议在使用全站仪时定期手动保存数据，并在完成测量工作后及时将数据备份到电脑或其他存储设备上。此外，对于重要的测量任务，可以考虑使用具有更强数据保护功能的仪器或软件，以确保数据的安全性和完整性。

如果发生了意外关机并担心数据丢失，建议尽快联系仪器制造商或相关技术支持团队，了解如何恢复数据或获取进一步的帮助。