核磁共振检查一直以来都是医保报销项目，乙类检查项目。但是检查价格根据不同的机器型号而有所不同，通常高场强的设备检查价格要高于低场强的设备。另外，不同级别的医院检查价格不同，其报销比例也不同，级别高的医院检查价格高，但报销比例低。目前，由于医保政策的调整，磁共振检查价格下调，而且没有明确限制，检查的数量激增。
做CT检查，属于住院必要检查的，也是可以通过医保卡报销，如果门诊检查需要CT检查的，也是可以用医保卡进行报销的，具体有当地社保局进行规定。
70%左右
现在的磁共振医保报销比例是在70%左右的,但是需要自己先付费后报销。 住院消费“核磁共振”,和其它费用一起列入医保范围,分类核算统筹比例。具体住院——医保住院,总费用除开自费部分、乙类费用先自付10%之后，超过医院医保门槛费的部分，享受统筹支付比例。医院级别不同门槛费不同，享受统筹支付的比例也不同。职工医疗保险的比例百分之八十几，居民医疗保险的比例70%。核磁共振检查纳入医保报销范围后，患者自负费用明显降低。政策变动后自负金额每人次相差405。45元。